1)同樣不存在上下位法關系。

2)涉及國家秘密事項：網絡運營者在為國家偵察機關提供必要的支持與協助過程中知悉或接觸到涉及國家秘密的事項，應當受《保密法》的規制與調整，有關人員不得泄露相關信息，否則將適用《保密法》追究其法律責任。

3)分級保護與等級保護：《保密法》第二十三條規定，存儲、處理國家秘密的計算機信息系統（以下簡稱“涉密信息系統”）按照涉密程度實行分級保護。《網絡安全法》第二十一條明確指出“國家實行網絡安全等級保護制度”。對于涉及國家秘密的由保密法調整。

4)違法和保密信息的處置要求和義務：《網絡安全法》是一般性規定，而涉及涉密信息的處置義務應當優先適用《保密法》的特別規定。

5)法律責任：《網絡安全法》在第五十一條、五十五條、‘五十六條、五十七條等設置了與《保密法》相關條款銜接的法律責任規定，尤其是對關鍵信息基礎設施運營者不履行法定義務或違反有關規定設置了具體的民事、行政和刑事處罰措施。在此方面，原則上，針對涉及國家秘密事項的違反網絡安全保障規定的法律責任追究應當優先適用《保密法》的規定。

6)三同步原則：同時提出《保密法》第二十三條和《網絡安全法》第三十三條分別對涉及國家秘密的信息系統和關鍵信息基礎設施提出對系統和其安全技術手段三同步要求（同步規劃、同步建設、同步使用）

7)監管單位不同：《網絡安全法》主要由國家網信部門履行相關監管職責。《保密法》主要由國家保密部門履行相關監管職責。